Chùa Thần Quang Tự có lịch sử khởi dựng từ thời Lý, ban đầu có tên là chùa Nghiêm Quang, do Đức Thánh Dương Khổng Lộ cho xây dựng vào năm Tân Sửu (1061) trên đất Giao Thủy, phủ Hải Thanh, vì vậy dân gian còn gọi theo địa danh là chùa Giao Thủy, trong tiếng Nôm từ “Giao” có âm Nôm là “Keo” nên chùa Giao Thủy còn gọi là chùa Keo.
Năm Tân Hợi (1611) xảy ra lũ lụt lớn, cuốn trôi chùa Thần Quang, dân ấp Keo cũ phải dời đi hai nơi. Một bộ phận chuyển về mạn đông Nam, hữu mạn sông Hồng lập nên làng Hành Cung, đời Minh Mệnh (1820 – 1840) đổi là Hành Thiện, nay thuộc xã Xuân Hồng, huyện Xuân Trường, tỉnh Nam Định. Một bộ phận chuyển về mạn tả ngạn sông Hồng về phía Đông - Bắc lập làng Dũng Nhuệ, nay là Hành Mỹ thuộc Xã Duy Nhất, huyện Vũ Thư, tỉnh Thái Bình. Sau khi định cư, dân làng 2 nơi đều có kiến thiết xây dựng ngôi chùa theo kiểu “Tiền Phật, Hậu Thánh” cúng thờ thiền sư Dương Khổng Lộ. Để phân biệt với chùa Keo làng Dũng Nhuệ của Thái Bình, nhân dân làng Hành Thiện thường gọi ngôi chùa làng mình là chùa Keo Hành Thiện.
Đức Thánh Tổ Thiền sư Khổng Lộ là một vị Quốc sư Thời Lý có nhiều công lao đóng góp cho nhân dân. Thiền Sư họ Dương, húy là Minh Nghiêm, hiệu là Khổng Lộ, Sinh ngày 14 tháng 9 năm Bính Thìn niên Thuận Thiên thứ 7 (1016), quê Cha làng Giao Thủy, Phủ Hải Thanh (Thời Trần đổi làm phủ Thiên Trường, thời Nguyễn đổi làm Phủ Xuân Trường, quê mẹ ở Phủ Ninh Giang (Hải Dương). Năm 1060, Ngài cùng Đức Giác Hải và Đạo Đức Hạnh sang Tây Trúc tu luyện đạo Phật. Năm 1061, Ngài về nước dựng chùa Nghiêm Quang và trụ trì tại đó (sau đổi là Chùa Thần Quang). Năm Bính Ngọ 1066, sau khi chữa khỏi bệnh cho vua Lý Thánh Tông, Ngài được trọng thưởng 1000 lạng bạc, 500 khoảnh ruộng và được phong là Quốc Sư. Ngài còn cho đúc Chuông Nghiêm Quang nặng 3300 cân và đi quyên đúc vạc Phổ Minh nặng ngàn cân, là một trong tứ khí của Đại Việt. Ngày 3 Tháng 6 năm Giáp Tuất, niên hiệu thứ 3(1094) đời Lý Nhân Tông, thiền sư Khổng Lộ hóa thọ 79 tuổi. Ngày 10 tháng 8 năm Ất Hợi (1095), sư Giác Hải cùng môn đồ thu thập xá lị của ngài, lập tháp ở Chùa Nghiêm Quang.
Với kiến trúc xây dựng độc đáo cộng với nét hoa văn của những bàn tay nghệ nhân tài hoa đã tạo nên những tác phẩm nghệ thuật tuyệt tác.
Hàng năm nơi đây tổ chức hai kỳ lễ hội lớn: Hội Xuân tổ chức vào ngày 15 tháng 2 và Lễ hội Thu tổ chức vào ngày 12 và 15 tháng chín hàng năm.
Lễ Trường Yến (Yến Lão) được tổ chức vào các năm Dần, Thân, Tỵ, Hợi nhưng về sau lễ được tổ chức thường xuyên hàng năm vào ngày 15 tháng hai để con cháu chúc mừng thọ các cụ cao niên trong làng, theo quy định về trang phục: Các lão ông, lão bà từ 90 tuổi trở lên mặc trang phục màu vàng; 80 tuổi mặc trang phục màu đỏ và 70 tuổi mặc trang phục màu tím (năm 2019 làng Hành Thiện có trên 700 cụ tuổi 70 trở lên, đặc biệt có 01 cụ thọ 103 tuổi, 2 cụ thọ 101 tuổi). Từ sáng sớm, các cụ đã được các con cháu rước ra khu vực Lễ Trường Yến với sự có mặt của bà con nhân dân, các con cháu từ khắp mọi miền đất nước trở về mừng thọ cho ông bà, cha, mẹ. Sau phát biểu chúc thọ trao quà của lãnh đạo UBND xã Xuân Hồng, các cụ được con cháu rước lên cùa Thần Quang làm lễ dâng hương Đức Phật, Đức Thánh Tổ. Đi cùng đoàn rước là đội nhạc trống, đàn sáo tấu các làn điệu lưu thủy. Khi đoàn rước về chùa, mọi người dâng lên lễ thần phật và nghe văn chúc thọ. Sau khi tiệc (Yến Lão) kết thúc, các lão ông, lão bà còn được biếu lộc mang về chia cho con cháu cùng hưởng.
Lễ Phụng Nghinh là lễ rước thánh, tổ chức vào sáng ngày 12 và 15 tháng chín với sự tham gia của khoảng hơn 300 người rước kiệu vòng quanh hồ nước gác chuông của chùa. Ngoài kiệu chính, kiệu hờ, kiệu sắc, còn có Long Đình, hương án, cờ thần, phù kiều, âm nhạc hòa tấu... Đặc biệt là thuyền rồng có treo túi gấm, gậy trúc, nón tu lờ, các vật dụng gắn liền với truyền thuyết về đức tài của Đức Thánh Tổ Khổng Lộ. Nghi Lễ Phụng Nghinh thu hút đông đảo nhân dân và du khách đến dự, trở thành một trong những nghi thức chính của lễ hội Chùa Keo Hành Thiện.
Lễ hội chùa Keo Hành Thiện với nhiều hình thức sinh hoạt văn hóa, tín ngưỡng, tâm linh phong phú, độc đáo thể hiện sự tôn vinh công đức to lớn của Đức Thánh Tổ Dương Khổng Lộ, Phật bà Quan Âm Nam Hải đối với dân với nước, đặc biệt dân cư vùng đồng bằng sông Hồng; Nghi lễ Trường yến thể hiện lòng hiếu thảo của con cháu với ông bà, cha mẹ, sự tôn kính của cộng đồng xã hội với người cao tuổi... Đó chính là truyền thống uống nước nhớ nguồn, “ăn quả nhớ người trồng cây” mang đậm giá trị nhân văn, thể hiện bản sắc văn hóa truyền thống Việt Nam.
Điều vô cùng thú vị ở Chùa Keo Hành Thiện là, tuy là ngôi chùa cổ danh tiếng nhưng rất nhiều năm nay chùa không có sư. Việc trông coi cũng như tế lễ đều do các hộ gia đình trong xóm thay phiên nhau thực hiện. Theo một số người già trong xóm thì mọi hoạt động từ trông coi đến hương nhang, phục vụ tế lễ, hay các kỳ lễ hội đều do nhân dân phối hợp chặt chẽ với ban quản lý di tích và người dân trong xóm thay nhau đảm nhận.
Ông Vũ Quang Hưng cho biết, mọi việc trong chùa đều do dân trong xóm đảm nhận, từ những năm kháng chiến chống Pháp, chùa đã là căn cứ bí mật, là nơi nuôi giấu cách mạng và cũng là nơi tụ họp quan trọng của quân kháng chiến, không ít lần giặc Pháp phục kích những do sự đồng lòng cảnh giác của dân làng cảnh báo cho quân kháng chiến nên giặc không bắt được, chúng bèn dùng thủ đoạn đặt vũ khí vào trong chùa nhằm mục đích lấy cớ phá hoại ngôi chùa nhằm phá đi căn cứ cách mạng của ta, nhưng vì sự đồng lòng của bà con nhân dân mà chúng không thể thực hiện được âm mưu phá hoại. Rồi ông kể vào những năm 1975, khi đó nạn trộm cắp đồng đen rộ lên, để bảo vệ những di sản văn hóa vô giá trong chùa, cả làng đã cắt cử người thay nhau canh gác cả ngày lẫn đêm, ban đêm cử 1 người trực, ba người đi tuần và đã nhiều lần bắt được trộm.
Ngày nay, dân làng Hành Thiện vẫn duy trì nhiệm vụ bảo vệ, phát huy tốt những lễ hội văn hóa truyền thống tốt đẹp tự bao đời nay như thủa sơ khai. Trong thời kỳ công nghiệp hóa hiện đại hóa nông thôn, nhiều người trưởng thành trong học tập phát huy tài năng của mình trên các lĩnh vực công nghệ, công nghiệp khác, đồng ruộng nơi đây không còn nhiều. Theo ông Vũ Quang Hưng, xóm chùa Hành Thiện hiện còn 31 hộ gia đình trong đó ông Vũ Ngọc Lũ năm nay đã ngoài 80 là đại diện cho xóm Chùa Hành Thiện trực tiếp điều hành các hộ gia đình, phân công nhau vẫn tiếp tục duy trì truyền thống trông coi, canh gác cũng như chủ trì cho các công việc của Chùa.
Lễ hội chùa Keo Hành Thiện là một kho tàng di sản văn hóa phi vật thể phản ánh phong tục tập quán, tín ngưỡng, thể hiện tư duy, nhận thức về sinh quan, thế giới quan của cộng đồng dân cư. Đặc biệt là tính đoàn kết cộng đồng dân cư của làng quê Việt Nam đồng thời còn là một sản phẩm văn hóa du lịch hấp dẫn.